Ledger twierdzi, iż Atom może chronić zatwierdzanie wrażliwych operacji choćby w przypadku naruszenia bezpieczeństwa systemu Android. Urządzenie obsługuje aplikacje codziennego użytku, ale gdy użytkownicy muszą zatwierdzić działanie, kontrolę nad ekranem przejmuje oddzielny system operacyjny. Fizyczny przełącznik odłącza również kamery i mikrofony.